A baía de Maputo está localizada no sul de Moçambique, entre as latitudes 25° 40’ e 26° 20’ S, tem uma largura de cerca de 20 milhas marítimas e uma abertura a nordeste para o oceano Índico aproximadamente com as mesmas dimensões. A leste, é limitada pelas ilhas da Inhaca e dos Elefantes e pela península do Machangulo; entre esta península e a Inhaca existe um estreito canal de comunicação com o oceano, com uma grande dinâmica. A sul, encontra-se a desembocadura do rio Maputo, o limite norte da Reserva de Elefantes de Maputo e, mais para oeste, a Catembe. A oeste, encontram-se o estuário do Espírito Santo, formado pelos rios Umbeluzi, Matola e Tembe, Infulene e a cidade de Maputo. A norte, encontra-se a desembocadura do rio Incomati e a península da Macaneta, que forma o limite oeste da abertura maior da baía.