São doenças que surgem quando a resposta imunitária é efectuada contra alvos existentes no próprio indivíduo. Respostas autoimunes são frequentes, porém transitórias e reguladas. A auto-imunidade como causadora de doenças não é frequente, uma vez que existem mecanismos que mantêm um estado de tolerância aos epítopos do próprio organismo. As doenças autoimunes têm etiopatonogênese complexa e multifactorial.