Con un colpo di Stato militare si autonominò presidente e, durante la sua dittatura militare, venne attuata una forte repressione dell'opposizione, ritenuta da alcuni un vero sterminio di massa, con l'uccisione di un numero tra 1.200 e 3.200 oppositori, tra 80.000 e 600.000 internati, esiliati o arrestati in maniera arbitraria e tra 30.000 e 130.000 torturati e vittime di violenza. La Commissione Rettig e altre commissioni, istituite dopo la dittatura, contarono ufficialmente 3508 morti - 2.298 assassinati o giustiziati, 1.210 sparizioni forzate - oltre a 28.259 vittime di tortura e prigionieri politici, nei circa 17 anni di potere di Pinochet, ma in particolare durante il primo decennio. Taluni autori hanno aumentato il numero delle vittime a 17.000 (15.000 morti e 2000 scomparsi), altri di più ma la questione è ancora aperta.