Un acide aminé protéinogène est un acide aminé incorporé dans les protéines lors de la traduction de l'ARN messager par les ribosomes. Il existe en tout aminés protéinogènes, ce qualificatif étant forgé à partir de racines grecques signifiant précisément « qui donne naissance aux protéines ». Parmi ceux-ci, aminés, dits acides aminés standards, sont encodés directement par un codon de l'ADN nucléaire. Deux autre acides aminés protéinogènes sont encodés indirectement par des codons-stop qui sont recodés en codons d'acides aminés en présence de séquences d'insertion particulières, appelées pour la sélénocystéine et pour la pyrrolysine. La pyrrolysine n'intervient que chez certaines archées méthanogènes, de sorte que les eucaryotes et les bactéries n'utilisent que aminés protéinogènes.