על פי תיעוד היסטורי מן המאה הראשונה, שבעה ענפים של נהר הנילוס חצו את הדלתא. ב נימנו רק שש התפצלויות של הנהר בדלתא. מאז, הודות לשינויים טבעיים של זרימת הנהר בגלל סתימת סחף ועבודות הטיה, נותרו רק שתי התפצלויות של הנהר הזורמות לים: דמיאט הוא הפיצול המזרחי ואורכו כ-240 ק"מ, ורוזטה אורכו כ-235 ק"מ. שני ערוצים אלה קרויים על שם ערי נמל (דמיאט ורוזטה) הנמצאות בשפכיהם לים. לאורכה ולרוחבה של הדלתא פרושה רשת של תעלות ניקוז והשקיה. בקצה הצפוני של הדלתא נמצאים בה ביצות מלוחות ואגמים.

עם מי הנילוס זרם גם סחף אדמה שמצטבר בדלתא בגלל היחלשות עוצמת זרם הנהר. הסחף יוצר בדלתה שטח של אדמה יציבה, פורייה וטובה מבחינה חקלאית בניגוד לחולות המדבר הנודדים שסביבה, מי הנילוס מתחפרים באדמה זו בניסיון לחפש דרכים נוספות להגיע לשפכו בגלל כוח המשיכה ונוצרים עשרות זרמי מים קטנים, כל אלו יוצרים אדמה פורייה ואידאלית לגידולים חקלאים. הקמת סכר אסואן הביאה לחסימה של רוב זרימת הסחף בנילוס, והוא שוקע באגם נאצר. הירידה החדה במשקעי הסחף גרמה לעליה בטבלת מי התהום בדלתא והגבירה את מליחות האדמה ואת שחיקת מניפת הסחף לחופי הים התיכון.