Estruturalmente, um templo xintoísta é geralmente caracterizado pela presença de um honden ou santuário, onde o kami é consagrado. O honden, no entanto, pode estar completamente ausente, como por exemplo quando o templo localiza-se em uma montanha sagrada à qual ele é dedicado, e que é adorada diretamente. O honden pode não estar presente também quando há por perto estruturas parecidas com um altar chamadas de himorogi ou objetos que, acredita-se, possam ser capazes de atrair espíritos chamados de yorishiro que podem servir como uma ligação direta com um kami. Pode haver um e outras estruturas. No entanto, o edifício mais importante dos templos é usado para guardar objetos sagrados, ao invés de cultos.

Templos em miniatura (hokora) podem ocasionalmente ser encontrados em estradas. Grandes santuários às vezes contêm em seus recintos santuários em miniatura ( ou ). Os santuários portáveis (mikoshi) que são carregados durante festivais (matsuri) consagram kami e, portanto, são verdadeiros santuários.