Safranina tipicamente tem a estrutura química mostrada a direita (algumas vezes descrita como dimetil safranina). Há também trimetil safranina, a qual tem adicionada um grupo metil na posição orto- do anel inferior. Ambos os compostos comportam-se de essencialmente de maneira idêntica em aplicações em coloração biológica, e os principais fabricantes de safranina não distinguem entre os dois. Preparações comerciais de safranina contém uma mistura de ambos os tipos.