O rio Margarida é um rio da bacia rio Guaporé, nasce no município de Comodoro-MT e é um dos principais rios deste município conforme o IBGE; um dos afluentes deste pequeno rio é o Rio Piolho ou Rio Quariterê, onde situou-se um quilombo homónimo. Teresa de Benguela é a personalidade mais famosa ao comando deste quilombo, fora condenada a morte em Vila Bela da Santíssima Trindade. Outro pequeno afluente é o Rio Prata que comporta uma usina hidelétrica de pequeno porte inaugurada na última década do século XX. Possui diversas pontes no seu curso para ligar as comunidades locais.