I protisti (o protoctisti) sono un gruppo eterogeneo e polifiletico di organismi, dove s'includono quegli eucarioti che non si possono considerare né animali né piante o funghi. Haeckel propose di inserire questi organismi nel regno Protoctista o Protista, un raggruppamento che oggi appare come parafiletico: gli organismi classificati come tali non hanno infatti molto in comune a parte un'organizzazione abbastanza semplice (unicellulare o multicellulare senza tessuti altamente specializzati). Quindi il regno dei protisti è una categoria residuale, artificiosa, una sorta di contenitore per tutti gli organismi non inseribili in altri regni. Attualmente, anche alla luce di recenti studi di filogenesi molecolare, si sta cercando di abbandonare tale categoria per seguire criteri più oggettivi.