O proteassoma 26S é constituído por um complexo catalítico central denominado 20S, preso nas suas duas extremidades laterais a complexos regulatórios 19S. O complexo 20S, por sua vez é formado por 2 anéis alfa e 2 anéis beta na sequência alfa-beta-beta-alfa, cada um formado por 7 subunidades distintas, sendo os anéis alfa estruturais e os beta catalíticos.

Diferentes subunidades beta realizam diferentes clivagens proteicas. As subunidades alfa estabilizam as unidades beta e ligam o complexo 19S. O proteassoma 26S tem o formato de um tubo, com duas entradas nas extremidades 19S, um subcomplexo de 19S ancora a cadeia de poliubiquitina, às vezes com a ajuda de proteínas auxiliares, e se anexa à superfície de 20S, usando energia para desdobrar a proteína e preparando o canal que leva à câmara proteolítica de 20S. Proteassomas de diferentes espécies podem variar em arranjos e subunidades.