Alessandro Farnese nacque a Canino, nella Maremma laziale (oggi provincia di Viterbo), figlio di Pier Luigi I Farnese, signore di Montalto (1435-1487) e Giovannella Caetani, discendente dalla famiglia di Gelasio II e Bonifacio VIII. Egli era il terzo di cinque figli, il primo dei maschi.