Giovanni Battista Cybo nacque a Genova, figlio di un uomo di rango senatoriale, Arano (o Aronne) Cybò; la madre era Teodorina de' Mari, di antica famiglia genovese. Dopo essere stato Senatore di Roma (carica all'epoca monocratica), il padre fu nominato vicerè del Regno di Napoli, un'altissima carica dello Stato napoletano. Si trasferì quindi nella capitale . Qui Giovanni Battista ricevette vari incarichi, conoscendo i piaceri della vita mondana. Durante questo periodo divenne padre di sette figli. Due furono legalmente riconosciuti: Franceschetto (1449-1519) e Teodorina (1455-1508). Li riconobbe e allevò pur senza sposare la loro madre, che ci rimane ignota. Gli altri cinque figli vennero fatti passare per suoi nipoti ed entrarono ugualmente a corte.