Fu uno dei papi rinascimentali più controversi, anche per aver riconosciuto la paternità di vari figli illegittimi, fra cui i famosi Cesare e Lucrezia Borgia, tanto che il suo cognome valenziano, italianizzato in Borgia, è diventato sinonimo di libertinismo e nepotismo, che sono tradizionalmente considerati come le caratteristiche del suo pontificato. Tuttavia, due dei successori di Alessandro, Sisto V e Urbano VIII, lo descrissero come uno dei papi più importanti dopo San Pietro.