Della vita di Agapito, prima della sua ascesa al pontificato, non sappiamo molto. Dalle fonti veniamo a sapere che era romano, e che fu eletto il 10 maggio del 946. Fece parte della serie di papi cortigiani di Alberico II di Spoleto, come i suoi predecessori Leone VII, Stefano VIII e Marino II, fatto che giovò sicuramente alla sua elezione. Nonostante ciò, sotto il suo pontificato l'azione del papato fu più dinamica rispetto agli anni precedenti, per i numerosi interventi religiosi che Agapito II compirà nei suoi nove anni di pontificato.