Un microrganismo è un organismo vivente avente dimensioni tali da non poter essere visto ad occhio nudo (minori di 0,1 mm). L'esistenza dei microrganismi venne dunque scientificamente accertata solo con l'avvento del microscopio anche se il sospetto dell'esistenza di una qualche forma di vita invisibile era supportato dalla infinita varietà di malattie ed infezioni che questi comportano in tutti gli esseri viventi (dal batterio all'uomo). I microrganismi sono sostanzialmente esseri unicellulari appartenenti ai regni: Protisti, Monere, Archea e Funghi.
Anche i virus, i viroidi ed i prioni sono considerati, a torto, microrganismi, pur non essendo in senso stretto esseri viventi, in quanto sono solo proteine lipidiche (capside di grassi) e DNA o RNA.