Os efeitos colaterais comuns da metformina são poucos e de gravidade quase zero, pode surgir no inicio do tratamento : cólicas, diarreia, às vezes enjoo e vômitos) e geralmente restringem-se ao início do tratamento. A metformina é um dos poucos antidiabéticos que não provocam hipoglicemia (motivo pelo qual é às vezes classificada como normoglicemiante e não hipoglicemiante) e não provoca aumento de peso. O cloridrato de Metformina pode também ser usado em casos de gordura no figado (esteatose hepática) mas os estudos científicos ainda não mostraram benefício definitivo nesta condição. Muito se fala sobre um possível efeito redutor de peso da metformina mas isso não corresponde a realidade sendo considerada uma droga de efeito neutro no peso corporal. Também não é verdade que a metformina promoveria uma perda de gordura corporal.

A metformina parece agir de três maneiras distintas:
Ela diminuiria a absorção dos carboidratos a nível intestinal. Reduz a produção de glicose pelo fígado. O fígado utiliza parte da sua alimentação para fazer uma reserva de glicose. Assim, quando seu organismo passar por uma situação de estresse, o fígado vai liberar esta reserva de glicose, como uma fonte extra de energia, para o cérebro e os músculos trazendo a queima acelerada da gordura abdominal.