L'écologie de système lotique est l'étude des interactions biotiques et abiotiques dans les flux d'eaux courantes continentales. Avec l'écologie des systèmes lentiques, qui implique des eaux continentales moins dynamiques comme des lacs ou des étangs, ces domaines forment le champ d'études plus générale de l'eau douce ou de l'écologie aquatique.