Le terme holoenzyme (ou plus rarement hétéroenzyme) est l'assemblage du cofacteur (qui peut être un ion métallique, un agrégat atomique ou une molécule organique) et d'une ou plusieurs chaînes protéiques, formant ainsi une enzyme complète et active. L'holoenzyme est donc le complexe enzymatique catalytiquement activé par ses cofacteurs. La partie protéique de l'enzyme est alors nommée apoenzyme et la partie non protéique coenzyme. C'est le cas par exemple de la trypsine dont la forme inactive est le trypsinogène, son activation se fait par l'entérokinase.