La hipoxantina es una forma metabólica de las purinas, aunque ocasionalmente puede formar parte de algunos RNAs. La forma degradativa final de las purinas en los primates es el ácido úrico o urato sódico mientras que en el resto de los mamíferos se excreta como alantoína por oxidación del urato sódico. Los anfibios y la mayoría de los peces oxidan la alantoina a urea y glioxilato y algunos invertebrados marinos lo hacen hasta NH₄ y CO₂. Puede encontrarse en su forma enólica o en su forma ceto.