Logo após seu nascimento, Urano, horrorizado com a natureza monstruosa dos seres que havia gerado, escondeu-os nas profundezas do Tártaro. Cronos, cumprindo uma profecia do oráculo de Delfos, ajudou-os a escapar do Tártaro e a formar uma rebelião que culminaria com a castração de seu pai, Urano. Depois da queda de Urano, Cronos subiu ao poder e voltou a aprisioná-los no Tártaro.

Os hecatônquiros foram novamente libertados do Tártaro por Zeus, que havia sido orientado pela avó deles Gaia de que eles poderiam ser decisivos na Titanomaquia, a guerra dos deuses olímpicos contra os titãs. Nesta guerra, os hecatônquiros lançaram centenas de enormes pedras contra os titãs, ajudando a derrotá-los.