Segundo a tradição islâmica, o termo está ligado originalmente a seguidores de uma seita ou ordem mística ismailita criada por Ḥassan-i Ṣabbāḥ, o velho da montanha ou o sábio da montanha, que fundou um complexo estado teocrático na fortaleza de Alamūt, nos altos da Cordilheira Elbruz, ao sul do Mar Cáspio, no Irã. Por quase trezentos anos a seita esteve ativa na Síria e no Irã. Eram chamados, pejorativamente, hashishin ou "comedores de haxixe", palavra da qual deriva o termo "assassino". Alamūt foi destruída pelos mongóis, em 1256. Consta que os seguidores de Ḥassan-i Ṣabbāḥ - os nizaritas - realizavam atentados para eliminar seus adversários, notadamente muçulmanos sunitas e, em particular, os seljúcidas. Os fedayin, uma das categorias mais baixas dessa ordem, eram encarregados de executar esses atentados.

Contemporaneamente, o uso do termo "fedayin" foi reintroduzido, aplicando-se com mais frequência aos militantes da guerrilha palestina contra a ocupação israelense.