Quando se fala em fórmula estrutural, refere-se à disposição dos átomos para formar uma substância. Logo, assim como é necessário manter uma mesma proporção no número de átomos para formar uma substância idêntica a outra (por exemplo, o caso da água normal e da água oxigenada, em que ambas são formadas pelos mesmos elementos, mas são diferentes pois no caso da água oxigenada há um átomo a mais de oxigénio) é necessário que os átomos (mesmo sendo iguais) sejam arranjados numa forma específica no espaço. Diferenças na disposição dos átomos de carbono são o que diferenciam o diamante da grafite, por exemplo.