Les endotoxines (du grec : endon et toxicon, intérieur et poison) sont des toxines situées dans la membrane externe de certaines bactériesGram négatif, de nature lipopolysaccharidique (LPS) et thermostables. Elles ne sont libérées que lors de la lyse de ces bactéries, et peuvent occasionner une réponse inflammatoire générale démesurée, ou syndrome de réponse inflammatoire systémique, pouvant entraîner la mort. Si l'endotoxine parvient à atteindre la circulation sanguine, elle peut entraîner un choc septique.