Der Begriff endogen bedeutet, dass etwas aus inneren Ursachen entsteht oder aus dem Inneren eines Systems heraus nach innen oder außen wirkt. Das Gegenteil ist exogen. Diese Begriffe finden in verschiedenen Wissenschaften Verwendung:

• In der Botanik sind endogene Pflanzenteile solche Teile einer Pflanze, die nicht aus Gewebeschichten an der Oberfläche der Pflanze heraus entstehen, sondern im Innern der Pflanze. Während ihres Wachstums durchstoßen sie anschließend die äußeren (exogenen) Gewebeschichten.
• Die Geologie benennt ebenfalls endogene Prozesse, das heißt Prozesse, die im Erdinnern durch interne Kräfte wie Spannungen und Wärme entstehen.
• Die Medizin spricht von endogenen Stoffen, Krankheiten oder Krankheitserregern, wenn diese im Innern des Lebewesens entstehen.
• in der Psychiatrie stellen die endogenen Psychosen eine systematische Sammelbezeichnung dar für Krankheiten, die weniger durch äußere Einflüsse als vielmehr durch die innere Konstitution verursacht sind.
• Die Psychologie spricht von endogenen Faktoren oder Prozessen, wenn diese aus der psychischen Veranlagung eines Individuums heraus entstehen.
• In der Soziologie ist es eine Charakterisierung des sozialen Wandels als innergesellschaftlich verursacht (Gegensatz: exogener sozialer Wandel durch Einwirken anderer Gesellschaften)
• In der Statistik bezeichnen endogene Variablen solche Faktoren, deren Ausprägung in einem Kausal- oder Strukturgleichungsmodell erklärt oder vorhergesagt werden soll.
• In den Wirtschaftswissenschaften werden Größen als endogen bezeichnet, wenn sie in einem Modell eine abhängige Variable darstellen. Ihr Wert ergibt sich damit als Ergebnis aus der Modellstruktur und den exogenen Variablen des Modells. Siehe auch Endogenität und Endogenitätstest, Endogene Variable, Hausman-Test, Regressions-Diskontinuitäts-Analyse, Lineare Paneldatenmodelle und Instrumentvariable.