Os eicosanoides ω-6 são geralmente pró-inflamatórios, enquanto os ω-3 exercem bem menos essa função. A quantidade desses ácidos graxos na dieta de uma pessoa afeta as funções controladas pelos eicosanoides no organismo dela, podendo afetar o sistema cardiovascular, a quantidade de triglicérides, a pressão arterial, e artrite. Drogas anti-inflamatórias, como o ácido acetilsalicílico e outros anti-inflamatórios não-esteroides agem diminuindo a síntese de eicosanoides.

Existem três famílias de eicosanoides: os prostanóides, leucotrienos e lipoxinas. Os prostanóides incluem as prostaglandinas, as prostaciclinas e os tromboxanos. Para cada uma há duas ou três séries separadas, derivadas de um ácido graxo ω-3 ou ω-6. As diferentes atividades dessas séries explicam os efeitos benéficos dos ω-3 e ω-6 para a saúde.