Observações ciêntificas do cometa levaram a algumas descobertas notáveis. A mais surpreendente para os cientistas foi a descoberta de emissão de raios X a partir do cometa, pois foi a primeira vez que essa emissão foi encontrada. Os cientistas acreditam que esta emissão é causada pelas particulas ionizadas de vento solar que interagem com os átomos neutros do cometa.

A nave espacial Ulysses também cruzou inesperadamente a cauda do cometa a um distância de mais de 500 milhões de quilómetros do núcleo, mostrando que o Hyakutake tinha a cauda mais longa até então conhecida para um cometa. O Hyakutake é um cometa de período longo, antes desta sua passagem pelo Sistema Solar, o seu período orbital era de cerca de 15,000 anos, mas a influência gravitacional dos planetas gigantes aumentou-o para 72,000 anos.