Un coccolithe (du grec κοκκος « pépin », λίθος « pierre ») est une plaque constituée de carbonate de calcium servant à protéger les coccolithophoridés (diverses espèces de microalgues du phytoplancton pélagique). La forme de la plaque en pépin arrondi lui a donné son nom. Elle a entre un et une dizaine de micromètres de diamètre.