Para compreender o modo de funcionamento da clatrina, em particular como ela é capaz de formar a rede poliédrica, é necessário que se conheça a sua estrutura tridimensional. Um passo importante para a aquisição desta compreensão foi dado por um grupo de cientistas da University of California (San Francisco) e do MEMOREC (GmbH). Estes cientistas, trabalhando na Macromolecular Crystallography Facility da ALS, determinaram a estrutura tridimensional de uma parte importante da clatrina que está envolvida na montagem da rede.

A molécula de clatrina possui a forma de um tríscele, uma estrutura semelhante à suástica, só que com três pernas curvadas, ao invés de quatro, que estão unidas em um domínio central de trimerização (txd). A estrutura da perna foi determinada pelos pesquisadores por meio de uma técnica denominada de difração anômala de múltiplos comprimentos de onda (MAD). A formação da rede poliédrica envolve a associação de domínios vizinhos próximos e domínios vizinhos distantes.