Com 12 trastos na forma original o cavaquinho tem uma afinação própria da cidade de Braga que é ré-lá-si-mi. No entanto, as suas quatro cordas de tripa ou de metal, são também afinadas em ré-si-sol-sol, mi-dó#-lá-lá, mi-ré-si-sol, ré-si-sol-ré ou, mais raramente, em mi-si-sol-ré conforme o pais onde é utilizado e de acordo com os costumes etnográficos de cada região portuguesa. Júlio Pereira, um dos músicos portugueses mais renomados da actualidade, tem ajudado na divulgação do cavaquinho como instrumento pleno de versatilidade e que tem dado frutos.

No Brasil este instrumento é usado nas congadas paulistas e forma, junto com o bandolim, a flauta, o  violão de 7 cordas, o violão de 6 cordas e o pandeiro os conjuntos regionais para a execução de choros.