L'auto-assemblaggio molecolare è il processo tramite il quale molecole adottano un arrangiamento definito senza aiuto né assistenza esterna. Sono noti due tipi di auto-assemblaggio, intramolecolare e intermolecolare. Spesso quest'ultimo si riferisce ad auto assemblaggio intermolecolare, mentre l'analogo intramolecolare è più comunemente noto come ripiegamento.