Eine antimikrobielle Substanz ist ein Biozid, das die Vermehrungsfähigkeit oder Infektiosität von Mikroorganismen reduziert oder sie abtötet beziehungsweise inaktiviert. Zu jenen antimikrobiellen Substanzen, die als spezifisches Medikament bei einer Infektionskrankheit eingesetzt werden, gehören die Antibiotika gegen Bakterien und die Antimykotika gegen Pilze und pathogene Hefen (z. B. Candida spp.). Des Weiteren werden alle Antiparasitika zu den antimikrobiellen Substanzen gerechnet, zu denen wiederum die Antihelminthika gegen parasitäre Würmer und die Antiprotozoika gegen pathogene Amöben (z. B. Giardia spp.) gerechnet werden. Diese antimikrobiellen Substanzen werden auch gelegentlich als Antimikrobiotikum (Plural: Antimikrobiotika) bezeichnet.