No início da Idade Moderna, a Igreja Católica Romana achou-se envolvida em conflitos para conservar o seu tradicional poder político e religioso mantido durante todo esse período contra o nascente secularismo na Europa. Como resultado, simultaneamente a hostilidade contra o poder político, social, espiritual e religioso do Papa e do clero católico ganharam força.

Esta tendência ao anticlericalismo foi agravada pela alegada crise da autoridade espiritual do Papa no tempo da Reforma católica e da Reforma Protestante, levando à fragmentação do catolicismo e, consequentemente, à ruptura da unidade do Cristianismo Ocidental. Alimentado pelo desenvolvimento das doutrinas humanistas e da ciência contemporânea, o anticatolicismo assumiu um papel predominante nas guerras religiosas que varreram a Europa no , o que viria a definir o novo mapa religioso europeu. Assim sendo, muitos países da Europa abandonaram o catolicismo e aderiram aos princípios da Reforma Protestante.