L'alphabet ouïghour a été utilisé pour écrire le vieux-ouïghour, une variété de vieux-turc parlée à Tourfan et qui est l'ancêtre du Yugur occidental. Le terme de « vieux-ouïghour » utilisé pour cet alphabet est trompeur car les Ouïghours de Mongolie utilisaient déjà l'alphabet de l'Orkhon, une écriture qui ressemblait à des runes et car ils n'ont adopté cette écriture utilisée par les autochtones que lorsqu'ils sont arrivés à Tourfan en 840. C'était une adaptation de l'alphabet sogdien utilisé pour les textes bouddhistes, manichéens et chrétiens pendant 700 à 800 ans à Tourfan. Cependant, contrairement au sogdien, l'écriture ne se fait plus horizontalement et de droite à gauche mais verticalement et de gauche à droite. Parallèlement, l'ouïghour était aussi écrit avec l'alphabet syriaque pour les documents chrétiens. Les derniers manuscrits connus datent du XVIIIe siècle. Il a servi de base aux alphabets mongol et mandchou.