Um destaque do Aeroporto Santos Dumont é a moderna sala de embarque, a primeira no Brasil totalmente revestida material transparente, que dá uma ampla visão para a Baía de Guanabara, onde é possível observar pontos turísticos como a Ponte Rio-Niterói, a Ilha Fiscal, o Museu de Arte Contemporânea, a cidade de Niterói, a Escola Naval e o Pão de Açúcar.

A principal atividade do aeroporto está na Ponte aérea Rio-São Paulo, que transporta passageiros entre o Santos Dumont e o Aeroporto de Congonhas em São Paulo, movimentando aproximadamente 4 milhões de passageiros por ano, o que representa quase a metade de todo o movimento do aeroporto. A segunda e a terceira rotas mais movimentadas são, respectivamente, com destino ao Aeroporto Internacional de Brasília e para o Aeroporto Internacional de Belo Horizonte-Confins, transportando cerca de 1 milhão de passageiros anualmente em cada uma.