Após Pearl Harbor, o
Zuikaku cumpriu um papel de liderança nos ataques a
Rabaul na
Nova Guiné e contra as bases navais britânicas de Colombo e Trincomalee no
Oceano Índico, onde seus aviões afundaram o porta-aviões
britânico Hermes, no começo de 1942. No mês de maio, participou da esquadra de ataque a
Port Moresby, que abriria caminho para a invasão da
Austrália, onde um grande combate entre aviões de ambos os lados em luta causou seu retorno ao Japão com apenas metade de suas aeronaves, para rearmamento e treinamento de novas tripulações (ver
Batalha do Mar de Coral), o que o impediu e aos outros porta-aviões avariados nesta batalha de participar da
Batalha de Midway, no mês seguinte.