Als Zellkompartimente werden in der Biologie verschiedenartige Räume innerhalb einer Zelle bezeichnet. Im Gegensatz zu dem Begriff ‚Organell‘, der sich immer auf ein einzelnes Objekt bezieht (etwa ein Mitochondrium), wird der Begriff Kompartiment für die Summe aller gleichartigen zellulären Räume verwendet. Eine Zelle kann demnach viele Mitochondrien haben, aber nur ein mitochondriales Kompartiment. Auch das Cytoplasma ist ein Kompartiment, aber kein Organell. Weitere Kompartimente der Eukaryoten werden von den Komponenten des Endomembransystems, dem Zellkern und bei Pflanzen von Plastiden und der Vakuole gebildet.