Vakuolen sind Zellorganellen. Sie sind ähnlich wie Vesikel gebaut, umfassen aber sehr viel größere von einer Membran umschlossene Räume. Aufgrund ihrer Größe sind sie auch im Lichtmikroskop erkennbar. Sie treten zum Beispiel als Nahrungsvakuolen auf, die sich durch Phagozytose aus Teilen der Zellmembran gebildet haben.