Os organismos Unikonta igualmente se caracterizam por tripla fusão de genes que não existe nos Bikonta, assim como um único centríolo (Cavalier-Smith, 2002, 2006). Alguns Unikonta apresentam dois centríolos, porém sua origem difere evolutivamente dos Bikonta, indicando aqui uma convergência evolutiva (Cavalier-Smith 2006). Os três genes que estão fundidos nos Unikonta, porém não nas bactérias e nem nos Bikonta, codificam as enzimas que intervêm na síntese dos nucleotídeos pirimidínicos carbamoil-fosfato sintase, dihidroorotase e aspartato carbamoiltransferase (Cavalier-Smith 2006). Parece provável que esta tripla fusão seja o resultado de duas duplas fusões sucessivas, uma corrente de eventos rara na evolução e com poucas possibilidades de se repetir. Este fato apoia a teoria que propõe um antepassado comum para Opisthokonta e Amoebozoa.

A seguinte árvore filogenética mostra as relações entre os principais grupos de Eukaryota segundo as propostas de Cavalier-Smith:

Legenda: [A] Eukaryota ancestral heterótrofo uniflagelado e unicentriolar; mitocôndrias com cristas tubulares. [B] Ancestral biflagelado. [C] Fusão de genes DHFR-TS. [D] Fusão tripla de genes da biossíntese da pirimidina. [E] Alvéolos corticais. [F] Aquisição de cloroplastos por endossimbiose secundária de uma alga verde (Viridiplantae). [G] Flagelo posterior e mitocôndrias com cristas planas. [H] Inserção de EF1-alpha. [I] Aparição dos cloroplastos por endossimbiose primária de uma Cyanobacteria. [J] Aquisição de cloroplastos por endossimbiose secundária de uma alga vermalha (Rhodophyta). [K] Inserção de poliubiquitina. [L] Sulco de alimentação ventral. [M] Cerdas tubulares em flagelos e plastos dentro do retículo endoplasmático rugoso.