O município não possui relevo muito acidentado, com altitude média em torno de novecentos metros em relação ao nível do mar. Contudo algumas formações se destacam na topografia, como a Serra de Três Pontas, lugar muito conhecido tanto pelo seu formato peculiar quanto pela sua beleza natural. Os ribeirões das Araras e da Espera são os principais cursos d'agua que cortam o município, desaguando ambos na Represa de Furnas. Os rios Verde e Sapucaí passam no extremo limite sul e formam a extremidade meridional da Represa de Furnas. Os dois rios se encontram no distrito do Pontalete. Três Pontas está situada na Bacia Hidrográfica do Rio Grande.

O clima ameno o ano todo propicia o cultivo do café, que é a maior riqueza econômica do município (conhecido por ser um dos maiores produtores nacionais), visto que no solo três-pontano não são encontrados recursos minerais de importância. No município também se encontram o distrito do Pontalete, que é banhado pela represa de Furnas, muito procurado por turistas devido a suas belezas naturais, e o povoado do Quilombo Nossa Senhora do Rosário (antigamente chamado de Martinho Campos). A cidade faz parte do circuito turístico Vale Verde e Quedas D'Água.