Nato verso il 62 a.C., era il figlio del faraone Tolomeo XII, al quale succedette nella primavera del 51 a.C. come correggente della sorella più grande Cleopatra VII. Nella primavera del 48 a.C. Tolomeo, insieme con Potino, che era stato nominato reggente del giovane faraone, tentarono di deporre Cleopatra e di costringerla a lasciare Alessandria d'Egitto. Cleopatra, però, radunò un esercito ed iniziò una guerra civile in Egitto. La situazione si complicò quando un'altra loro sorella, Arsinoe IV, iniziò a pretendere il trono.