A trama de Stargate Atlantis se inicia no episódio de Stargate SG-1 da sétima temporada, "Lost City", onde a equipe SG-1 encontra um posto avançado construído pela raça conhecida como os Antigos (The Ancients,) na Antártica. Após os acontecimentos ocorridos no episódio de estréia da oitava temporada de Stargate SG-1, "Nova Ordem", o Comando Stargate envia uma equipe internacional para investigar o posto. Logo, Dr. Daniel Jackson descobre a localização da maior cidade criada pelos Antigos, Atlântida. A história se desenvolve quando os membros da expedição encontram os Espectros (Wraith), raça que derrotou os Antigos dez mil anos atrás.

A série foi um sucesso para o Sci Fi Channel, e foi particularmente popular na Europa e na Austrália. Embora tenha recebido pouca resposta da crítica, Stargate Atlantis foi bastante premiada e recebeu muitas indicações de prêmios em suas cinco temporadas de exibição. Depois do cancelamento da série, os criadores da série começaram a trabalhar em outro já pré-concebido "spin off" do universo Stargate, intitulado "Stargate Universe", que a rede aprovou por ter maior orçamento, ser menos mitológico e focar mais no desenvolvimento dos personagens. Stargate Universe estreou em 2 de outubro de 2009. O Merchandise de Stargate Atlantis inclui jogos e brinquedos, publicações e uma série original em áudio.