Unter
short interspersed nuclear elements (
SINE, engl. für ‚kurze, eingestreute Kernsequenzelemente‘) versteht man typischerweise 100–400
Basenpaare lange, häufig wiederholte und relativ frei verteilte
DNA-Sequenzen im
Genom. SINEs werden häufig zu den
transponierbaren Elementen gerechnet, die eine
RNA als Zwischenstufe benutzen (
Retroelement) und keine
long terminal repeats (Non-LTR
Retrotransposons) besitzen. Transponierbare Elemente im engeren Sinn sind jedoch definiert als DNA Sequenzen, die selbst eine Transposase kodieren und damit eine intrinsische Fähigkeit besitzen, ihre genomische Position zu ändern. Im Gegensatz zu den längeren
LINEs sind SINEs somit nicht autonom, sondern benötigen eine externe
Reverse Transkriptase (oft von LINEs codiert), da sie keine eigene (mehr) besitzen. Damit sind sie
Retroposons (aber nicht etwa non-LTR Retrotransposons, welche selbst häufig als Retroposons missbenannt werden) im engeren Sinne.