Era il figlio più giovane di Gneo Pompeo Magno e della sua terza moglie, Mucia Terzia. Il fratello maggiore era Gneo Pompeo, figlio della stessa madre. Entrambi i ragazzi crebbero all'ombra del padre, uno dei migliori comandanti militari romani e inizialmente un politico favorevole ai populares (formò il Primo triumvirato con Gaio Giulio Cesare e Marco Licinio Crasso), che passò ai conservatori quando Cesare divenne una minaccia per il partito degli optimates.