Selbstantigene sind Antigene, die von Zellen eines Organismus dem Immunsystem, wie beispielsweise Makrophagen, Lymphozyten, B-Zellen und NK-Zellen, als körpereigen präsentiert werden. Die Selbstantigene sind für die immunologische Toleranz wichtig, in der das Immunsystem körpereigene Substanzen als solche erkennt und nicht bekämpft (Selbsttoleranz).