Au moment de la préparation puis de l'exécution de l'Édit de Nantes s'est constitué de manière empirique un département consacré aux « affaires de ceux de la religion prétendue réformée » (RPR). En effet, un règlement daté de 1588 chargeait l'un des quatre secrétaires d'État désignés par Henri III, Pierre Forget de Fresnes, de la correspondance avec des provinces concentrant d'importantes populations huguenotes, Languedoc, Dauphiné, Orléanais, Maine, Anjou, Poitou, Saintonge, Angoumois. De fait il fut amené à s'occuper particulièrement des affaires protestantes. Ayant la confiance d'Henri IV, il est le rédacteur de l'Édit de Nantes, qu'il contresigne, et centralise par la suite les « affaires de ceux de la religion » ou « religionnaires ».