Nacque a Skoczów (ai tempi nel Ducato di Teschen, facente parte del regno di Boemia, oggi in Polonia), dal boemo Gregorio Mattia Sarkander e dalla polacca Helena Górecka; entrambi erano alle loro seconde nozze. Gregorio morì nel 1589 e la madre si trasferì con Giovanni e gli altri figli (Nicola, Paolo, Venceslao e una femmina) a Příbor, in Moravia, presso un figlio di primo letto di Helena, Matteo Vlcnovsky, che era sacerdote: ivi Giovanni frequentò la scuola parrocchiale, quindi il collegio dei gesuiti ad Olomouc (col fratello Nicola), l'università di Praga e infine la facoltà di teologia di Graz. Quest'ultima la interruppe nel 1606 per sposare Anna Platská, rampolla di una nobile famiglie luterana, ma la ragazza morì prima delle nozze, così Giovanni riprese gli studi dando gli esami di teologia il 21 dicembre 1607, e ricevendo gli ordini minori il giorno seguente da parte del cardinale Franz Seraph von Dietrichstein, nel Palazzo dell'Arcivescovo di Kroměříž. Venne consacrato sacerdote a Brno il 22 marzo 1608, lavorando nel periodo successivo in diverse parrocchie e diocesi nei dintorni di Olomouc.