Wayne ha fondato l'Apple Computer assieme a Steve Jobs (a quei tempi i due lavoravano insieme all'Atari) e a Stephen Wozniak (che lavorava alla HP). Deteneva la proprietà della Apple al 10% ed era colui che avrebbe preso una decisione nel caso in cui Jobs e Wozniak non fossero stati d'accordo su qualche cosa. Ma non appena la società ricevette il pagamento della prima commessa Wayne vendette la propria quota per 800 dollari. Era il 13 aprile 1976. Nel 1981, quando Apple fu quotata in borsa, la quota di Wayne sarebbe stata valutata centinaia di milioni di dollari. In occasione dell'uscita della sua biografia, dal titolo Adventures of an Apple Founder (settembre 2011), lo stesso Wayne ha ammesso: «Ero migliore come ingegnere che come uomo d'affari».