Nel 1939 sposò Marguerite Duras che al tempo lavorava per una casa editrice. Il loro primo figlio, un maschio, morì alla nascita nel 1942. Nello stesso anno Marguerite Duras conobbe Dionys Mascolo che divenne il suo amante. Marguerite Duras e Robert Antelme furono membri della Resistenza sotto l'Occupazione. Il loro gruppo cadde in un'imboscata; Marguerite Duras riuscì a sfuggire grazie all'aiuto di "Jacques Morland", nome di battaglia di François Mitterrand, mentre Robert Antelme venne arrestato e inviato in un campo il 1º giugno 1944. Dopo un passaggio a Buchenwald, venne condotto a Gandersheim da un piccolo commando dipendente da Buchenwald, dove venne alloggiato in una vecchia chiesa sconsacrata, nei pressi di una fabbrica.