Als Prothallium (von lateinisch pro „vor“ und griechisch θαλλός thallos „Spross“) bezeichnet man in der Botanik den haploiden Gametophyt der Farne. Das Prothallium entwickelt sich aus einer vom Sporophyt der Farne produzierten Spore. Es ist relativ kurzlebig, ausgewachsen meist nur ein bis zwei Zentimeter groß und wird wegen seiner Unscheinbarkeit kaum je vom Laien wahrgenommen, da es „in seinem Aussehen häufig einem einfachen thallösen Lebermoos gleicht.“