Port Jefferson ist ein Hafenort an der Nordküste von Long Island im US-Bundesstaat New York. Er hat den Status eines incorporated village (selbstverwalteten Dorfs) innerhalb der Town of Brookhaven im Suffolk County. Nach dem Census von 2010 hatte das Dorf 7750 Einwohner. Im Gegensatz zu den meist nur aus Wohngebieten bestehenden umliegenden Orten hat Port Jefferson ein echtes kleinstädtisches Dorfzentrum rund um den Hafen.